Die Geschäftsleitung liegt in den Händen von hauptamtlich Mitarbeitenden. Diese sind verantwortlich für die satzungsgemäße Erfüllung der Aufgaben des Diakonischen Werkes Bonn und Region – gemeinnützige GmbH. Ihr gehören der Geschäftsführer Tobias Köhler und die Prokuristin Andrea Elsmann an. Die Führung der Mitarbeitenden basiert auf – gemeinsam mit allen Gremien im Haus – erarbeiteten Führungsgrundsätzen. Sie sollen dazu beitragen, dass Führung auf eine Weise erfolgt, die den Menschen gerecht wird, die in der Diakonie arbeiten und den Menschen, die diakonische Dienstleistungen in Anspruch nehmen.